由于保存和使用不当，黑鸡苗得不到足够的蚀斑量，免疫效果差，因而鸡群仍然会暴发马立克氏病。国内很多疫苗生产厂生产疫苗使用非SPF鸡胚，由于制苗的种蛋常含有鸡的病原体（鸡白痢沙门氏菌、支原体和某些病毒）。

它除了影响疫苗质量和免疫效果外，还传播疾病，对鸡群尤其是种鸡危害较大。***型的差异、变异株和强毒的存在导致免疫失败传染性支气管炎病毒的***型有10余种。

目前国内外的生物药品厂所引用的毒株是以麻州型和康州型为多，根据致弱的程度又分为Hl20和H52两种毒株。由于***型的差异，能防止由澳洲T株引起的肾型传染性支气管炎。